Referans Çalışma
Slayt hazırlama, dijital patolojinin başarısındaki en önemli faktördür
Dijital Patolojinin Faydaları ve slayt hazırlamanın önemi.
Çok merkezli bir İsveç laboratuvarında Dijital Patoloji: Skåne Bölgesi
Son yıllarda, dijital patoloji giderek klinik bir teşhis aracı olarak kabul edilmeye ve patoloji laboratuvarlarında çok önemli bir rol üstlenmeye başladı. Dijital patolojiyi ilk benimseyenlerden biri, yılda 800.000’den fazla histopatoloji lamı üreten çok merkezli bir İsveç laboratuvarı olan Skåne Bölgesi, Tıbbi Hizmetler Ofisi, Klinik Genetik ve Patoloji Departmanı’dır. Bölüm, bünyesindeki dört laboratuvarın tamamında dijital patolojiyi uygulayarak klinik uygulamada dünyanın en büyük dijital patoloji gruplarından biri haline geldi. Bu 4 merkezde Hamamatsu marka NanoZoomer S360 ve S60 model cihazlardan oluşan toplam 18 adet dijital lam tarama cihazı kuruludur.
2019 yılına girerken mevcut patolog ekibi ile raporlama kapasitesinde sıkıntılar yaşandığı fark edildi. Ayrıca kanser tedavisine başlama süresinin azaltılmasına da ihtiyaç vardı. Bu eksikliklerin her ikisini de çözmek için Dijital Patoloji bir seçenek olarak belirlendi. Malmö’deki laboratuvar 2019 boyunca süren ve tüm laboratuvarları kapsayan dijital patolojinin uygulanması ve entegrasyonunda merkez olarak seçildi. Kasım 2019’dan itibaren tüm merkezler histopatolojik olarak %100 dijital hale geldi. Geçiş süreci çok yoğun bir çalışma ile gerçekleşti. Her hangi bir endişeye yer vermeyecek şekilde, sonuçların değerlendirilerek, gerekli düzeltmelerin yapılabilmesini sağlamak için patologlardan açık ve detaylı geri bildirimler istendi.
Malmö’deki Klinik Patolog ve Ana Bilim Dalı Başkanı Dr. Kevin Sandeman, dijital patolojinin başarılı bir şekilde uygulanmasından edindiği deneyimlerini ve öğrendiklerini paylaştığı süreçte, Dijital Patolojinin laboratuvara getirdiği avantajları açıklayarak başarılı bir süreç için sürekli standart kalitede lam hazırlamanın önemini vurgulamıştır.
Dijital Patolojinin avantajları nelerdir?
Dr. Sandeman şu yorumu yapar: “Dijital Patolojinin birçok avantajı olsa da, özellikle COVID-19 gibi küresel bir salgın sırasında uzaktan çalışabilmek bizim için büyük bir avantajdı. Ayrıca, sistem yüz yüze temas olmaksızın konsültasyon yapılmasına olanak tanıdı.
Kevin Sandeman, Klinik Patolog, Klinik Genetik ve Patoloji Bölümü, Patoloji Anabilim Dalı Başkanı, Malmö.
Bölge genelinde daha hızlı teşhis ve buna bağlı olarak kanser tedavisine başlama sürelerinde bir azalma da görülmüştür. Daha hızlı teşhis önemli bir göstergedir ve sonuçlar, dijital patolojinin raporlama sürelerimizin teşhis oranını %27’ye kadar ve teşhise kadar geçen toplam süreyi %12,5’e kadar azalttığını göstermektedir.”
Mali açıdan bakıldığında, dijital patoloji uygulaması, bölgenin ihtiyaç duyduğu patologların fazla mesai miktarını en aza indirerek maliyet tasarrufu sağlamıştır.
Daha hızlı teşhis önemli bir göstergedir ve sonuçlar, dijital patolojinin raporlama sürelerimizin teşhis oranını %27’ye kadar ve teşhise kadar geçen toplam süreyi %12,5 oranında azalttığını göstermektedir.”
Bölge genelinde laboratuvar süreçlerinin standardizasyonu, dokuların hazırlanmadan önce daha az yoğun laboratuvarlara dağıtılabilmesine olanak sağlamıştır. Bu, daha önce çalışmalarını tamamlamakta güçlük çeken laboratuvarların, yakındaki laboratuvarlara numune gönderebilmesine ve bu numunelerinin aynı kalitede işlem göreceklerinden emin olmalarına olanak tanımıştır. Taranan görüntüler daha sonra merkezi görüntü yönetim sistemi aracılığıyla tüm kullanıcılar için erişilebilir bir platforma aktarılır.
“Skåne bölgesinde Hamamatsu NanoZoomer tarayıcılar, dokuların büyük kısmının taranması ve taranan lamların tek bir profil altında toplanması üzererine ayarlanmıştı” Bu uygulama, laboratuvar teknisyenlerinin minimum düzeyde etkileşimi ile sorunsuz bir iş akışı oluşmasını sağladı. Dr. Sandeman, asistan patologların eğitiminin, dijital görüntüler üzerinde eklenebilen açıklamalar ve yapılabilen işaretlemeler sayesinde daha kolay hale geldiğini, ayrıca, uzman patoloğun tüm eğitim vakalarına ilişkin genel bir bakışa sahip olmasına olanak tanıdığını belirtmiştir.
Dijital Patolojinin kullanılmaya başlanması laboratuvar iş akışını etkiledi mi?
”Slayt Hazırlama, Dijital Patolojinin başarısındaki en önemli faktördür.”
Dr. Sandeman şöyle açıklıyor: “Laboratuvar iş akışı büyük ölçüde aynı kaldı. Tarayıcıyı kullanan personelin eğitimi önemliydi ve laboratuvar işlem sürecinin taranan lamdaki son görüntüyü nasıl etkilediğinin önemini anlamalarına yardımcı oldu. Laboratuvar sürecini bir bütün olarak standart hale getirmek, dijital patolojinin uygulanmasını da kolaylaştırdı.” Slayt hazırlama, dijital patolojinin başarısındaki en önemli faktördür ve laboratuvar, sistemin kullanılmaya başlanmasından itibaren üretilen işlerin kalitesinde bir artış olduğunu gördü.
Ön işlem prosedürlerinin standardizasyonu ve kalitesi
Dijital Patolojinin tam potansiyelini karşılaması için laboratuvarların tüm süreçler boyunca kalite ve standardizasyon oluşturmaya odaklanması gerekir.
Dr. Sandeman, dijital görüntünün kalitesi tamamen taranan doku slaytının kalitesine bağlı olduğundan, “dijital ortama geçişin laboratuvar için zor bir kalite kontrolü süreci olduğunu” vurgulamaktadır. Slayt hazırlama, bu nedenle, yüksek kaliteli dijital görüntüler elde etmenin anahtarıdır. Preanalitik süreçlerdeki değişkenlik, renk ve görüntü kalitesinde varyasyona yol açar. Tüm bu ön işlem prosedürleri nihai taranan görüntüyü etkilediğinden, standardizasyon, dijital görüntünün görselleştirilmesini ve yorumlanmasını kolaylaştırır.
Teknisyen Walid Jabbar, Tissue-Tek Prisma®Plus ve Tissue-Tek Film® entegre doku boyama ve film kapatma sisteminin yanında.
Dr. Sandeman, slayt hazırlama ve merkezler arasında kullanımdaki farklılıkların tarama sonuçlarında değişkenliklere yol açabileceğini de ekliyor. Bu nedenle, tüm merkezlerde teknisyenler, ön işlem süreçlerini standart hale getirmek zorundadır. Bunun bir örneği, tarama sürecini kolaylaştırmak için kesit aşamasında dokuların kesit kalınlığını standart hale getirilmesidir. Standart çözümler için merkezler arasındaki iletişim, dijital patolojinin başarıyla uygulanmasında önemli bir faktördür.
Tarama sürecini kolaylaştırma
Tarama sürecini kolaylaştırmak için laboratuvarın ön işlem faktörlerini optimize etmesi de önemlidir. Özellikle, lamel seçiminin bu konuda büyük etkisi vardır. Skåne’ Bölgsi’nin tüm merkezlerinde hem lamel hem de Kapama Filmi (Tissue-Tek Film®, Sakura Finetek) kullanılmaktadır.
“Dijital görüntülerin kalitesi hem film hem de lamel ile kapatılan slaytlar da benzer özellikler göstermiştir .”
Toplamda sekiz adet Sakura marka Tissue-Tek Film® Otomatik Film Kapama Cihazı kurulmuştur. Dr. Sandeman, dijital görüntülerin kalitesinin hem film hem de lamelli slaytlar için benzer özellikte olduğunu belirtmiştir. Slaytları hazırlayan teknisyenler, Film ile kapatmanın tarama sürecini kolaylaştırdığını ve odak dışı doku vakalarını en aza indirdiğini tespit etmişlerdir. Rutin boyanan lamlar, hem lamel hem de film ile kapatılabilse de, Film Kapama kullanmanın birçok avantajı olduğu sonucuna varılmiştır:
• Film kullanılan lamlarda süreç lamel kullanımına göre çok daha hızlıdır.
• Film kaplı slaytlar, lamel kaplı slaytlardan daha kısa kuruma süresine sahiptir. • Film ile kapatılan slaytlar birbirine yapışmadan saklanabilir ve hemen taramaya hazırdır.
• Daha hızlı tarama süreci ve kısa süreli kuruma, yüksek kapasiteli tarama cihazlarında sorunsuz bir senkronizasyon sağlar.
• Film ile kapatmada, tarayıcıyı etkileyebilecek ve tarama sürecini bozabilecek yapıştırıcı madde atığı (entellan) bulunmamaktadır.
Film ile Kapama [to digital pathology]tarama işlemi için en uygun seçenektir.
Dr. Sandeman, Malmö’deki teknisyenlerin film ile kapatmayı net bir şekilde tercih ettiklerini vurgulumakta ve ”Film ile kapama yapıldığında film merkezi olarak ve her lam için aynı şekilde konumlandırılmakta ve lamellerin lam ile düzgün hizalanmaması durumunda oluşan manuel ayarlamayı ortadan kaldırmaktadır” diye eklemektedir.
Gelecek
Yeni ileri teknoloji sistemlerdeki artış, dijital patoloji alanını daha da ileriye taşıyacaktır. Dijital patolojiye giderek daha fazla entegre edilmesi beklenen özel bir teknoloji de yapay zekadır (AI). Dr. Sandeman, yapay zeka alanında bağımsız bir araştırmacıdır. Dijital Patolojide slayt hazırlığının standardizasyonunun ne kadar önemli olduğu sorulduğunda, “yapay zekada slaytların standardize edilmiş hazırlanmasının esas unsur olduğunu” belirtmiştir. Ayrıca AI algoritmalarının belirli bir görev için eğitildiğini, bu nedenle algoritmayı eğitirken her artifaktın dikkate alınması gerektiğini vurgulamıştır. “Belirli bir göreve yönelik algoritmayı sürekli güncellemek istemiyorsanız, slayt hazırlığının standardizasyonu önemlidir.”
